История Центра дополнительного профессионального образования уходит в 60-е годы прошлого века. Первоначально это был факультет повышения квалификации руководящих кадров колхозов и совхозов и специалистов сельского хозяйства, организованный на основании постановления ЦК КПСС и Совета Министров СССР от 15 января 1966 года № 38, который являлся учебным и административным подразделением сельскохозяйственного высшего учебного заведения. Главной задачей факультета являлось повышение уровня знаний руководящих кадров и специалистов в области технологии производства сельскохозяйственных продуктов, химизации, механизации, мелиорации, экономики и организации сельскохозяйственного производства.
Одновременно с ФПК был образован одногодичный заочный факультет повышения квалификации, который должен был охватить своей деятельностью весь регион: Якутию, Бурятию, Туву, Читинскую и Иркутскую области. На этом факультете была только одна специальность - «Экономика и управление производством». В основу создания этого факультета была заложена идея периодического обновления знаний специалистов (через пять лет), а также предполагалась подготовка резерва руководителей сельскохозяйственных предприятий (шестимесячное отделение подготовки руководящих кадров). Первым руководителем ФПК был Н.С. Симаков.
С 1967 по 1989 годы подразделением управляла В.Н. Швадченко, Герой Социалистического Труда.
В 1981 году ФПК занял первое место среди 103 сельскохозяйственных вузов страны. В 1989 году был участником ВДНХ как победитель в социалистическом соревновании среди ФПК вузов.
В 1989 году факультет повышения квалификации возглавил Н.И. Сергоманов. В 90-е годы произошел переход к рыночным отношениям, которые потребовали принципиальной перестройки работы подразделений послевузовского образования, переход на хозрасчет. Было разработано и введено 18 краткосрочных проблемно-целевых авторских программ; при поддержке ассоциации фермеров «Земля» и управления сельского хозяйства создан учебно-консультационный центр подготовки фермеров (УКЦФ).
В 1994 году произошло преобразование одногодичного заочного экономического факультета повышения квалификации в факультет профессиональной переподготовки специалистов АПК и дополнительного образования студентов с тремя специальностями: «Экономика и управление производством» (для специалистов АПК), «Технология переработки продуктов животноводства» и «Технология хлеба, кондитерских и макаронных изделий» (для студентов).
В 1996 году на базе ФПК, УКЦФ и региональной школы менеджеров был создан региональный центр дополнительного профессионального образования (РЦДПО).
С 1996 по 1997 годы на курсах повышения квалификации обучалось три потока руководителей монгольских сельскохозяйственных кооперативов.
С 1998 года РЦДПО возглавлял кандидат сельскохозяйственных наук Л.П. Столяр. Были разработаны и освоены:
Программы краткосрочных курсов: антикризисное управление предприятием АПК; оценка качества сельскохозяйственной продукции на предприятиях АПК; охрана труда; технология производства и контроль качества хлебобулочных и макаронных изделий.
Программы профессиональной переподготовки: специальности 0211 «Юриспруденция», 0608 «Экономика и управление на предприятии» (по отраслям), 0605 «Бухгалтерский учет, анализ и аудит»;
Переработаны программы профессиональной переподготовки по всем специальностям в соответствии с новыми образовательными стандартами.
1 апреля 2002 года РЦДПО был реорганизован в институт повышения квалификации и переподготовки кадров (ИПКиПК). Директором ИПК и ПК была назначена кандидат экономических наук, доцент Н.И. Пыжикова.
В состав института вошли учебно-методический отдел, информационно-консультационная служба, факультеты и кафедры КрасГАУ, активно участвовавшие в программах повышения квалификации и переподготовки кадров.
С февраля 2006 года институт возглавляла кандидат сельскохозяйственных наук, доцент Наталья Станиславовна Козулина. В 2007 году ИПКиПК переименован в Институт дополнительного профессионального образования (ИДПО).
С 2015 года Институт Дополнительного образования переименован в Центр дополнительного профессионального образования, с марта 2021г. возглавляет центр Сафронова Екатерина Александровна.