В 1971 году на ветеринарном факультете Красноярского сельскохозяйственного института была создана кафедра эпизоотологии. Первым заведующим кафедрой и фактическим организатором ее был кандидат ветеринарных наук, доцент А.И. Филиппов (1971–1974).
В 1974 году для чтения курса «Эпизоотология и инфекционные болезни» был приглашен кандидат ветеринарных наук, доцент Г.Н. Глотов, который возглавлял кафедру с 1974 по1979 год. В этот период на кафедре велось несколько дисциплин: «Эпизоотология и инфекционные болезни», «Ветеринарная микробиология и иммунология», «Вирусология», «Почвенная микробиология». В эти годы на кафедре работали талантливые ученые-педагоги, кандидаты наук, доценты: Т.С. Кадошникова, Г.И. Глотова, А.П. Корнильцева; старший преподаватель Е.П. Сачкова.
За годы существования кафедра претерпевала также и структурные изменения. В 1979 году на кафедру была передана дисциплина ветеринарно-санитарная экспертиза. С этого момента до 2003 года она называлась кафедрой «Эпизоотология, микробиология, вирусология и ветеринарно-санитарная экспертиза».
С 1979 по 2002 год кафедрой заведовала кандидат ветеринарных наук, профессор Л.И. Тарарина. В этот период проведена большая работа по подготовке научно-педагогических кадров из выпускников Красноярского СХИ. Через целевую аспирантуру Московской ветеринарной академии им. К.И. Скрябина и ВИЭВ им Р.Я. Коваленко было подготовлено шесть специалистов, в том числе Н.М. Ковальчук и И.Я. Строганова, прошедшие путь от врача-ординатора до профессора кафедры. В этот период на кафедре начинали творческий путь Е.Ю. Гуменная, Д.Е. Полонская, Е.Ф.Семенова, В.И. Кадошников, Е.Г. Турицына, В.Н. Вольвачев, Н.П. Немкова, О.И. Щербак, И.М. Саражакова, С.А. Счисленко, С.С. Бакшеева, А.А. Мороз.
Под руководством Л.И. Тарариной защитили кандидатские диссертации: И.М. Саражакова (2001 г.), А.В. Коломейцев (2004 г.), А.В. Макаров (2010 г.) и В.А. Гасилина (Ханипова) (2012 г.).
В 2002 году на кафедру был приглашен доктор ветеринарных наук, профессор А.Г. Хлыстунов для чтения курса «Эпизоотология и инфекционные болезни», ведущий специалист по борьбе с бруцеллезом в Красноярском крае.
В 2003 году произошло разделение кафедры на кафедру «Эпизоотология и паразитология», которую возглавлял д.в.н., профессор А.Г. Хлыстунови кафедру «Микробиология и ветеринарно-санитарная экспертиза с основами стандартизации продуктов животноводства», которую возглавляла д.б.н., профессор Д.Е. Полонская.
На кафедре «Эпизоотология и паразитология» работали преподаватели: И.Я. Строганова, Н.М. Ковальчук, В.В. Палунина, О.И. Щербак,С.А. Счисленко, А.А. Мороз, и врач-ординатор В.С. Липатенкова.
С 1997 по 2021 г. на кафедре активно работала доцент, кандидат ветеринарных наук, доцент О.И. Щербак, преподававшая и ведущая научную работу по дисциплине «Паразитарные и инвазионные болезни сельскохозяйственных и домашних животных, рыб и птиц».
С 2004 по 2012 год на кафедре работал кандидат ветеринарных наук, профессор В.В. Кибакин, участник Великой отечественной войны, автор более 100 научных и методических работ, 4 монографий и 4 учебных пособий.
С 2005 по 2014 гг. профессором кафедры работала доктор биологических наук В.В. Палунина, автор более 100 научных и учебно-методических работ, двух монографий, двух научно-практических рекомендаций, под ее руководством защитили кандидатские диссертации: Н.И. Трошева (2011 г.) и С.Н. Билокур (2013 г.).
Решением Ученого совета КрасГАУ №4 от 16.12.2005 г. при кафедре была открыта проблемная лаборатория иммунологического мониторинга (ПЛИМ Красноярский ГАУ) по теме: «Оценка орнитологической обстановки в Красноярском крае и осуществление комплекса мер, направленных на снижение ущерба и потерь от вероятного заноса и распространения гриппа птиц».
В этот период защитили докторские диссертации: Н.М. Ковальчук (2004 г.), В.В. Кибакин (2006 г.),И.Я. Строганова (2011 г.). Под руководством д.в.н., профессора Н.М. Ковальчук защитили кандидатские диссертации: А.А. Лёзова (Мороз) (2006 г.) и С.А. Счисленко (2013 г.).
На кафедре «Микробиология и ветеринарно-санитарная экспертиза с основами стандартизации продуктов животноводства» работали Л.И. Тарарина, Н.П. Немкова, И.В. Боер, А.В. Коломейцев, А.В. Макаров, В.А. Гасилина(Ханипова) и лаборанты Т.П. Трофимова, О.А. Трофимова.
В 2012 году произошло объединение кафедр «Эпизоотология и паразитология» и «Микробиология и ветеринарно-санитарная экспертиза с основами стандартизации продуктов животноводства».Объединенную кафедру «Эпизоотология, микробиология, паразитология и ветеринарно-санитарная экспертиза» возглавила д.б.н., профессор Д.Е. Полонская, автор 123 научных и 18 методических работ, авторского свидетельства СССР, 2 патентов, 3 монографий, 3 учебных пособий.
Профессор Д.Е. Полонская в 2012 г. осуществляла партнерские связи «Визит-профессор» в рамках Международного Соглашения - чтение лекций и проведение семинаров на английском языке в Центре биологии окружающей среды и технологии СЖО факультета биотехнических наук и медицинской инженерии Пекинского аэрокосмического университета (КНР).
Под руководством Д.Е. Полонской кафедра «Эпизоотология, микробиология, паразитология и ветеринарно-санитарная экспертиза» в 2014г. получила диплом «Золотая кафедра России» за заслуги в развитии отечественного образования.
С октября 2014 года по 2021 год кафедрой заведовала д.б.н., доцент Строганова И.Я. В этот период в составе кафедры работало 4 профессора – А.Г. Хлыстунов, Л.И. Тарарина, Н.М. Ковальчук, И.Я. Строганова; 6 доцентов – О.И. Щербак, Н.П. Немкова, И.В. Боер, А.А. Мороз, С.А. Счисленко, В.А. Гасилина (Ханипова);врач-ординатор - В.С. Липатенкова; ст. лаборант – Т.П. Трофимова; препаратор – О.А. Трофимова.
В 2013 г. Л.И. Тарарина, а в 2014 г. И.Я Строганова явились лауреатами премии главы администрации г. Красноярска в области науки и образования.
Благодарственными письмами Министерства сельского хозяйства РФ были награждены сотрудники кафедры: Л.И. Тарарина (2012 г.), Н.П. Немкова (2015 г.), И.Я. Строганова (2016 г.).
Мороз А.А. и Строганова И.Я. на протяжении ряда лет являются членами Общественного совета при службе по ветеринарному надзору Красноярского края.
С сентября 2021 год кафедрой заведуетд.в.н., профессор Н.М.Ковальчук. Коллектив кафедры осуществляет учебную и методическую работу в следующем составе: 2 профессора – Н.М. Ковальчук, И.Я. Строганова; 7 доцентов – Н.П. Немкова, А.А. Мороз, С.А. Счисленко, В.А. Ханипова, А.В. Коломейцев, О.П. Данилкина, А.В. Макаров; ассистент, преподаватель СПО А.А. Тайлаков; врач-ординатор – А.Р. Ягудин; ст. лаборант – Т.П. Трофимова; препаратор – Р.Д. Землянский.