Создан в сентябре 1984 года в г. Кызыле.

Руководителями филиала в разное время являлись С.С. Монгуш, Х.О. Ондар.

В феврале 1996 года филиал передан Тывинскому государственному университету в соответствии с постановлением правительства Российской Федерации от 2 ноября 1995 года «О Тувинском государственном университете». После двенадцатилетнего перерыва по ходатайству Красноярского государственного аграрного университета, правительства Республики Тыва было принято распоряжение правительства РФ от 15 марта 2007 года № 287-р и приказ Министерства сельского хозяйства РФ от 27 апреля 2007 года № 222 «О реорганизации ФГОУ ВПО «Красноярский государственный аграрный университет» и федеральных государственных учреждений».

В настоящее время филиал восстанавливает свою кадровую, методическую и материально-техническую базу.

Директором филиала назначена Г.Б. Хортек.